カバー自体に鍵（南京錠等）を付けることはできません。
実際には、カバーのすそ等に穴を開け、そこに鍵を通してロックすることは可能ですが、生地自体を裂かれてしまえばお終いのうえ、カバーに穴を開けることは耐久性も損ない、効果も下がることから対応させていただいておりません。
鍵を付けることは推奨しませんが、「車両盗難防止を高めるには？」同様、「盗難防止対策中（ベル稼働）」等とカバー表面に書くことによって、カバー自体の盗難防止に効果があることがわかっています。
また申し上げにくいのですが、季節が秋に入り、特に気温が一気に下がった時期に限って被害が出た場合は、路上生活者の方に防寒用として盗まれてしまっている可能性があります。
この場合は、上記の対策は有効にならず、別の方法を模索する必要があるかもしれません。